随着基因编辑技术如CRISPR的广泛应用，基因治疗领域的潜在安全性风险引起了全球监管机构的关注。CRISPR切割所造成的双链DNA断裂（DSB）在修复过程中可能导致染色体重排和易位事件，如大片段缺失、外源DNA片段插入以及染色体易位。美国食品药品监管局（FDA）已经明确指出，检测染色体重排和易位的重要性，因为这些事件可能引发严重的不良反应，包括基因组的不稳定性、遗传疾病的风险增加、治疗失败以及其他不可预测的后果。

二代测序技术（NGS）在基因组研究上取得了显著进展，但在检测结构变异方面仍然存在一定的局限性。由于读取长度较短，二代测序难以有效覆盖复杂的基因组结构，如大片段插入、缺失、倒位和染色体重排。此外，二代测序通常难以覆盖高重复区域或GC含量较高的区域，因此在这些区域内的结构变异易被漏检或误判。因此，二代测序在应对复杂变异时的精确性和全面性受到一定限制。

与此相比，三代测序技术（Third Generation Sequencing，TGS）在基因编辑的安全性评估中展现出了显著优势。尊龙凯时推出的三代WGS全基因组测序平台，专为全面检测基因编辑后的各种结构变异事件而设计。TGS技术能够提供更长的读取长度，使其在识别复杂的结构变异和脱靶效应时效果更佳，且能够更好地覆盖高重复区域和复杂基因组区域，从而全面检测基因编辑过程中的潜在脱靶变异，确保基因编辑的准确性与安全性。

三代WGS检测原理

三代WGS全基因组检测SV项目采用了先进的长读长测序技术流程，确保对结构变异的全面检测。首先，使用Covaris® g-TUBE将高分子量基因组DNA切割成合适长度的DNA片段，确保片段的一致性和适宜性。接着，利用磁珠富集纯化方法对DNA片段进行损伤修复和末端修复处理，提高后续测序的准确性。随后，通过专业设备进行DNA片段筛选和进一步纯化，确保测序文库的高质量，最后利用特定的测序引物进行高通量测序。

三代WGS检测SV优势

相较于其他技术，三代WGS全基因组测序技术在结构变异检测方面具有明显的优势：

• 检测范围全面：可同时检测多种类型的结构变异（SV），包括大片段缺失（DEL）、插入事件（INS）、重复（DUP）及断点（BND）。
• 超长读长优势：平均读长超过20kb，能够有效跨越复杂的重复区域和结构变异区域。
• 高数据比对效率：测序数据比对效率高达99%以上，确保结果的可靠性与全面性。
• 高测序深度覆盖：平均测序深度超过30X，支持低频结构变异的检测。
• 高质量测序数据：高比例的读段质量分数达优质水平，确保数据分析的准确性。

服务优势

• sgRNA脱靶位点全面预测：采用先进算法全面预测sgRNA的脱靶位点。
• 体细胞SV精准检测：自主开发分析流程，可以识别多种类型的结构变异。
• 变异分类与注释：采用国际先进的注释系统对结构变异进行功能评估。
• 完整数据解读：提供靶/脱靶位点的结构变异分析，直观展示全基因组的变异分布。
• 全面质控体系：建立了完整的质控流程，确保数据的可靠性。
• 规范化报告输出：提供完整报告，符合FDA等监管机构的技术要求。

技术应用场景

三代WGS全基因组测序技术凭借其超长读长和全面检测能力，在多个领域展现出独特价值：

• 基因编辑产品的安全性评估，满足FDA等监管机构对IND申报的要求。
• 复杂结构变异与难测区域研究，特别适用于癌症研究和罕见病致病机制探索。
• 高级基因组研究应用，改进基因组组装、填补基因组空缺。

在过去两年中，尊龙凯时致力于打造一站式基因编辑安全性评估平台，涵盖靶点设计、脱靶检测及结果分析等多种不同管线。我们拥有SGS认证、ISO9001质量体系认证及生物安全二级实验室等资质，能持续为客户提供高质量、高效率、安全的服务与产品。